Vì thí sinh đoạt giải được xét tuyển thẳng vào các trường đại học và có nhiều quyền lợi khác thế nên đã có nhiều vụ việc gian lận trong kì thi, điển hình như sự việc can thiệp vào kết quả chấm thi HSGQG đầu năm 2019 đã dấy lên sự lo ngại lớn đối với dư luận và thí sinh. Trên thực tế sau khi điều tra, vụ việc can thiệp vào kết quả thi HSGQG đã có từ năm 2017 hoặc có thể sớm hơn nữa.

Kết quả việc kiểm tra xác suất chấm lần một của 27 bài thi HSGQG năm 2017 cho thấy, giám khảo chưa chấm bài thi độc lập theo quy định, việc cộng điểm trên bài thi không đúng. Như bài thi số phách 4114 (môn Sinh học), điểm câu 1 ghi không đúng, khiến cho tổng điểm bài thi thực tế là 18,75 điểm nhưng được ghi là 19 điểm; bài thi số phách 5606 (môn Lịch sử) câu 6 được ghi là 2,5 điểm nhưng điểm thực tế chỉ là 2,25 điểm. Tại môn Lịch sử, số phách 5209 và số phách 5325 có phiếu điểm thống nhất cùng là 13,75 nhưng in từ máy tính ra lại là 14 điểm,...

Qua kiểm tra xác suất bốn bài thi có điểm thay đổi sau khi phúc khảo (hai bài môn Hóa học, hai bài môn Sinh học) cho thấy, không có biên bản mở, kiểm tra túi bài thi theo quy định; biên bản tổ chấm ghi không đúng với thực tế của việc tăng điểm bài thi.

Bài thi mã phách 04363402 của thí sinh tỉnh Thanh Hóa từ không có giải, sau khi phúc khảo được tăng điểm và đoạt giải Ba (từ 11,5 điểm tăng lên 12,5 điểm). Trong biên bản chấm phúc khảo, nguyên nhân tăng điểm được cho là cộng nhầm điểm, nhưng khi kiểm tra thì không phải cộng nhầm mà giám khảo cho thêm điểm thành phần vào bài thi bằng mực tím. Riêng câu 6 tăng 0,5 điểm mà không rõ phần nào. Một bài thi khác có mã phách 04400325 của thí sinh tại Hà Nội từ 9,25 lên 10,5 điểm với lý do là cộng nhầm.

Ngoài ra, tại một số địa phương, người ra đề đề xuất và hội đồng ra đề thi nhưng lại tham gia bồi dưỡng, tập huấn cho đội tuyển dự thi của các tỉnh, thành phố. Điều này có thể làm các thí sinh ở tỉnh khác bất lợi hơn vì "không biết trước đề".

Một số đơn vị mời các thầy cô giáo hoặc đưa học sinh trong đội tuyển về Hà Nội để ôn tập trước khi thi, gây ra thắc mắc hoặc băn khoăn, nghi ngại trong dư luận về tính khách quan, công bằng của công tác tổ chức thi và kết quả thi.